تفاصيل الوثيقة

نوع الوثيقة : رسالة جامعية 
عنوان الوثيقة :
أداة لحساب المسافات التلامسية ل لأحماض الأمينية في عتبة مسافة مختلفة باستخدام ملف PDB
TOOL TO CALCULATE AMINO ACID CONTACT DISTANCES AT DIFFERENT DISTANCE THRESHOLD USING BATCH PDB FILE
 
الموضوع : كلية العلوم 
لغة الوثيقة : العربية 
المستخلص : تعتمد وظيفة البروتينات على التفاعل مع روابطها ، ومن المهم جدًا بين ligands Mannose لذلك يعد تحديد ملامسات الأحماض الأمينية أمرًا مهمًا لفهم البروتينات السكرية. من أجل فهم التفاعلات التي تحسب اتصالات الأحماض الأمينية على عتبات مسافة مختلفة مطلوبة ، يمكن أيضًا تحديد مخلفات موقع الربط للبروتينات من قواعد البيانات ، أو أدوات التصور ، أو العديد من خوادم الويب الأخرى التي تم تطويرها مسبقً ولكن يصبح هذا الأمر مهيبًا بشكل كبير عندما تحتوي مجموعة كبيرة من البروتينات لتحليلها. بمساعدة هذه الأداة ، يمكن للمستخدم الحصول على بقايا الربط بعد تحميل ملف PDB. بالإضافة إلى ذلك ، يمكنه أيضًا إنشاء تفاصيل ذرية عن جهات الاتصال بما في ذلك مسافات بقايا موقع الربط من هياكل PDB. بنك بيانات البروتين (PDB) هو مستودع للهياكل ثلاثية الأبعاد للجزيئات البيولوجية الكبيرة التي تحتوي على إحداثيات ذراتها باستخدام إحداثيات ذرتين ، يمكن لهذه الأداة حساب المسافة بينهما. يتم تعريف البقايا على أنها بقايا ربط إذا كانت المسافة بين ذرات الشريك المتفاعل أقل من مسافة معينة مقطوعة عند تحميل ملف البروتين ثلاثي الأبعاد مانوز ذو الأهمية والخيار المحدد لعتبة المسافة من قبل المستخدم ، يبحث ContMann في ملف PDB عن سلاسل البروتين وسلسلة Ligand ذات الأهمية وعدد نماذج البروتين (إذا كان البروتين متعدد النماذج). في حالة وجود أكثر من نموذج واحد ، يوفر ContMann خيارًا لتحديد وتحليل النموذج المطلوب الموجود في ملف بنك بيانات البروتين (PDB) الذي تم تحميله. ثم يحسب ContMann المسافة بين ذرات سلسلة البروتين المختارة وذرات الشريك المتفاعل ، وعندما تنخفض هذه المسافة أقل من أو تساوي عتبة المسافة المحددة ، تعتبر هذه البقايا بمثابة بقايا ملزمة. واجهة الويب: تم تطوير واجهة الويب للإصدار الحالي من ContMann باستخدام لغة البرمجة النصية HTML و JavaScript و CGI-PERL. يحتوي على الصفحة الرئيسية حيث تم ذكر وصف هذه الأداة ، وخيار تحميل ملف pdb وزر الإرسال 
المشرف : د. احمد فيروز اكرم 
نوع الرسالة : رسالة ماجستير 
سنة النشر : 1444 هـ
2022 م 
تاريخ الاضافة على الموقع : Tuesday, February 21, 2023 

الباحثون

اسم الباحث (عربي)اسم الباحث (انجليزي)نوع الباحثالمرتبة العلميةالبريد الالكتروني
افنان عبدالرحمن العمرانيAlomrani, Afnan Abdulrahmanباحثماجستير 

الملفات

اسم الملفالنوعالوصف
 49000.pdf pdf 

الرجوع إلى صفحة الأبحاث